This repository contains the computational analysis scripts supporting a study of long terminal repeat retrotransposons (LTR-RTs), RNA-directed DNA methylation (RdDM), and transposable-element ...

tabix_paths = read.delim("https://raw.githubusercontent.com/eQTL-Catalogue/eQTL-Catalogue-resources/master/tabix/tabix_ftp_paths.tsv", sep = "\t", header = TRUE ...

文章浏览阅读270次，点赞2次，收藏7次。ATAC-seq数据分析涉及从原始测序数据到染色质可及性差异分析再到功能富集的完整链路。其核心原理在于通过Tn5转座酶切割开放染色质区域，经peak calling和定量构建count矩阵后，利用DESeq2等负二项分布模型鉴定差异开放区域，最终通过ChIPseeker注释和clusterProfiler ...

文章浏览阅读257次。数量性状位点（QTL）分析是遗传关联研究的基础方法，用于定位影响连续性状的基因组区域。当表型从常规性状扩展到蛋白丰度时，pQTL（蛋白数量性状位点）便成为连接基因型与功能蛋白表达的桥梁。与eQTL关注mRNA不同，pQTL更接近生物表型终端，可帮助解释GWAS所发现的疾病关联 ...